Apotekarsocieteten består av moderorganisationen, den ideella föreningen Apotekarsocieteten, och dotterbolaget Läkemedelsakademin i Stockholm AB.

Inom Apotekarsocieteten finns 13 vetenskapliga sektioner, 11 kretsar och fem tvärvetenskapliga intressegrupper. Föreningen delar årligen ut stipendier för vidareutbildning och forskning.

Inom Läkemedelsakademin i Stockholm AB finns utbildningsenheten Läkemedelsakademin, webbtidningen Läkemedelsvärlden.se samt ett bokförlag.